女性不育信号通路基因表达PCR芯片检测怀孕早期子宫内膜变化相关基因的表达。利用该芯片研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测胚胎着床和女性不育相关的基因表达。
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Polycomb & Trithorax复合物靶基因基因表达PCR芯片可以同时检测被Polycomb &Trithorax复合物调控的84个关键基因的表达。
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药物代谢基因表达PCR芯片上的基因编码的酶对药物运输（如金属硫和P-糖蛋白），I 期新陈代谢（特别是P450家族），II期代谢（如转移酶和水解酶）有重要作用。
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高血压基因表达PCR芯片可以用于检测分析与高血压关联的器官和组织，包括：心脏、肾脏、肝脏、肺，以及含有毛细血管和平滑肌的活检组织。
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在癌组织中，与野生型DNA序列的高含量相比，体细胞突变往往只是微乎其微的量。在这样一个大量野生型等位基因存在的背景下检测这些稀有突变是相当具有挑战性的。
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胰岛素抵抗基因表达PCR芯片包括胰岛素和脂联素信号通路相关的脂肪基因、通常在NIDDM中失调的基因、先天免疫和炎症过程有关的基因，以及碳水化合物和脂质代谢过程中重要的酶和转运蛋白相关基因。
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Notch信号靶标基因表达PCR芯片包含了Notch经典信号通路的转录因子和研究验证得到的高关联性靶标基因，通过该芯片得到的结果可用于Notch信号传导激活和抑制研究。
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肿瘤转移PCRArray可以同时检测已知的参与肿瘤转移的84个基因的表达。芯片所选的基因编码以下几类蛋白因子：细胞黏附、ECM成分、细胞周期、细胞生长和增殖、凋亡、转录因子和调节子以及其他一些转移相关因子。
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